È il cuore di Amalfi, perché qui si conservano "il capo e le altre ossa" di Sant’Andrea, il rpimo discepolo di Gesù.

L’Apostolo, che aveva evangelizzato la Grecia fino a spingersi fino a Patrasso. Da lì il suo corpo fu trasportato prima a Costantinopoli e successivamente ad Amalfi ad opera del Card. Pietro Captano, Legato Pontificio durante la IV Crociata. Vi giunse l’otto maggio 1208, accolto dal popolo in festa e fu nascosto nella Cripta, fatta costruire dallo stesso Cardinale.

Nella lunetta, a destra dell’organo, c’è un affresco di Aniello Falcone (1610), recentemente riportato al suo splendore, che ricorda l’evento. Attualmente la parte occipitale del Capo è custodito dietro l’altare, ed è mostrato alla venerazione dei fedeli solo in alcune circostanze. Le altre ossa sono poste sotto l’altare.

Sulla sommità del sepolcro è posta un’ampolla di cristallo dove, si raccoglie la "Manna".

La Cripta si presenta oggi nella forma barocca datale nel 1600 con scene della Passione di Gesù, incastonate fra ricche ed eleganti decorazioni a stucco.

L’altare centrale, in marmo pregiato, è opera di Domenico Fontana. La grande statua bronzea di Michelangelo Naccherino, fiorentino (1604), misura 2,36 metri e pesa circa otto quintali. La figura dell’apostolo, di proporzioni atletiche, ricorda il Mosè del suo maestro Michelangelo.

Accanto ci sono le statue marmoree, nate dallo scalpello di Pietro Bernini, papà di Gian Lorenzo. Rappresentano San Lorenzo e Santo Stefano, i protodiaconi della Chiesa d’Occidente e di Oriente.